名偵探柯南當中的主線就是黑衣組織的秘密，以及黑衣組織的幕後大boss是誰，這就是最關鍵的一個線索，而且主線其實在第一集裡邊就已經出現了，尤其是琴酒和伏特加出場的時候，這就是主線，他們為了不讓自己的秘密泄露出去，索性給工藤新一慣了aptx4869，從那一刻主線就已經出來了。
琴酒
包括後續雖然看起來整個是一個偵探，看起來好像沒有太大的瓜葛，但是從一些細致末梢當中看到作者一直把這一些主線都串聯在了一起
柯南
另外一開始大家都在猜測黑衣組織當中的幕後大老板有可能是阿笠博士，因為他的出鏡率很高。另外他能夠隨時隨地的幫助柯南也是最了解柯南的一個
人。。黑衣組織
而我們知道這部動漫當中最關鍵的人物也是柯南，所以就會默認阿笠博士是一個不簡單的人物，但是後來又排除了嫌疑，包括作者也出來表示幕後大boss不是阿笠博士。
那麼大家又開始追尋到底誰是真正的幕後大老板，因為現在從目前的劇情來分析，琴酒和伏特加這兩個人雖然也很厲害，但是他們可能並沒有見到過真正的幕後大老板的真實面目。
所以這個事情就辦起來更加的困難了。但是後來大家又分析黑衣組織的幕後大boss可能是烏丸蓮耶，但是現在又有一個矛盾點，就是在之前的偵破案件的過程當中，大家也看到了烏丸蓮耶就已經把他設定為是一個富豪，並且已經設定了他不在這個世界上存活著了。
這就又特別的矛盾，那麼如果說黑衣組織的幕後大老板是烏丸蓮耶，但是他又不在這個世界上，那麼現在誰又在領導著這個黑衣組織呢？所以這是很多的謎題，現在還沒有解開。
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