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《一拳超人》中琦玉老師終於靠著自己的實力，得到了大家的認可，成為了地球乃至整個宇宙的最強者，也如願以償的在英雄協會當上超S級英雄NO1，本來已經無敵的琦玉老師，終於完成了自己英雄的願望，卻發現自己也失去了一生的目標，在授勛儀式的前幾天，琦玉老師卻不告而別，放棄了這些年他最想得到的名號和榮譽。臨走之前琦玉老師對傑諾斯說「你要照顧好你自己，也不要想我，我需要重新振作起來，去找尋下一個目標」。
經過了漫長的全球旅行，琦玉老師還是沒有遇到一個對手，終於在機緣巧合之下，他來到了傳說中的木葉村，在一樂拉面館遇到了帶著兩個小孩的七代火影鳴人，還有溫柔賢惠妻子雛田，這時候的鳴人滿臉笑容，看起來很幸福，琦玉看到非常羨慕，很早就聽說鳴人很厲害，於是琦玉對鳴人發出了挑戰。
鳴人聽到後，毫不猶豫就拒絕了琦玉的請求，用溫柔的眼神看了一眼身邊的妻子，微笑著對琦玉老師說，他以前那麼努力變強，是為了追回和保護自己心中最重要的人還最愛的人，現在這一切都已經做到了，只希望剩下的時間能一直陪在老婆身邊，做一個好老公和好父親。琦玉聽後也沒有強求，問鳴人這個世界上還有沒有更強的對手，鳴人思考了一會說，地球上有一個強大的人叫做孫悟空，但是孫悟空一般生活在界王星，如果找不到，可以先去找到一個叫大雄的小學生，哆啦A夢有個任意門可以去世界的任何地方。
琦玉實力很強，但是對找人卻一臉懵逼，肯定是沒有辦法找到大雄和孫悟空，抬頭卻看到了毛利偵探事務所，於是委托毛利小五郎找人，可惜身上一分錢也沒有，所以遭到了毛利小五郎的拒絕，出門卻被一個小男孩拉住，原來這個小學生就是柯南，柯南說可以幫忙找到大雄，琦玉雖然不太相信這小學生，但是也沒有辦法，沒想到很快柯南就帶著琦玉老師找到了大雄的家門口，琦玉要求柯南一起進去，柯南卻說他們是好人不想連累他們，就一個人默默離開了，琦玉心想，真是一個神秘的小學生啊，長大後一定很有出息。
找到大雄後，琦玉靠著哆啦A夢的任意門，如願以償的來到了界王星，卻發現了這個世界已經滿目瘡痍，這時候琦玉發現了只剩最後一口氣的維斯，維斯告訴琦玉，宇宙遭到了神級文明的攻擊，孫悟空已經死了，如果想拯救孫悟空和宇宙，必須去屍魂界找到一個名字叫做「黑崎一護」的死神代理保住悟空的靈魂，然後集齊七個龍珠才能復活悟空。
琦玉通過任意門回到地球，卻發現一個穿著黑袍的黃頭髮男子已經在等他了，沒等琦玉說話，黑袍男子就搶先說到，他就是黑崎一護，孫悟空死亡的事情他已經知道了，現在護廷十三隊都在屍魂界保護悟空的魂魄，不過最多只能維持24小時，七個龍珠現在分別掉落到了七海域，首先要找到海賊王路飛，才有可能在24小時之內集齊龍珠。
最後琦玉和一護在海邊發現了路飛，卻沒有想到海賊王竟然是一個穿著拖鞋，帶著草帽，大吃大喝的少年，聽到琦玉的請求後，路飛毫不猶豫的答應了，很快路飛就靠著七武海等人找到了六個龍珠，卻沒想到第七個龍珠在雅典娜神殿的黃道十二宮。
為了打敗守護十二宮的黃金聖鬥士得到最後一顆龍珠，為了拯救宇宙，琦玉召集了喰種，數位寶貝，奧特曼，鳴人，皮卡丘，甚至還有櫻木花道和蠟筆小新，中國的唐三，葉修，孫悟空各路人馬都趕來幫忙，面對這麼強大的陣容，很快黃金聖鬥士就被打敗了，琦玉終於集齊了龍珠，復活了孫悟空，宇宙終於得救了。
悟空告訴琦玉，宇宙要想得救必須打敗大神級文明，大神級文明中有一個叫暗黑OMEGA的家夥，即便是已經超神的自己，還是打不過，於是琦玉飛出地球找到了OMEGA，最後看到OMEGA的時候，竟然發現OMEGA就是自己，面對OMEGA，為了保護自己心愛的人，最後琦玉終於打出了最後一拳。
鳴人和路飛看到天空上的紅色流星雨，就知道琦玉成功了，於是兩人提議收集龍珠復活琦玉，然後再把艾斯復活，最後討論結果是把所有人都一起復活……
多年之後，一個老人躺在旁邊看報紙，身邊的小女孩正在津津有味看著假面超人動畫，老人對小女孩說「小丸子，把電視聲音關小點！」「我就不，我要看英雄拯救世界！」「英雄有什麼好看的，你爺爺我以前也是個英雄，還是宇宙最厲害的英雄！」小女孩笑著說：「爺爺你個大騙子，世界上哪有禿頭的英雄呀！」老人不再爭辯，摸了摸自己光禿禿的腦袋，看著自己的可愛孫女，露出一個慈祥的笑容。