在Python中利用Pandas庫處理大數據的簡單介紹

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在數據分析領域,最熱門的莫過於Python和R語言,此前有一篇文章《別老扯什麼Hadoop了,你的數據根本不夠大》指出:只有在超過5TB數據量的規模下,Hadoop才是一個合理的技術選擇。這次拿到近億條日志數據,千萬級數據已經是關係型數據庫的查詢分析瓶頸,之前使用過Hadoop對大量文本進行分類,這次決定採用Python來處理數據:

硬件環境

CPU:3.5 GHz Intel Core i7

內存:32 GB HDDR 3 1600 MHz

硬盤:3 TB Fusion Drive

數據分析工具

Python:2.7.6

Pandas:0.15.0

IPython notebook:2.0.0

源數據如下表所示:

數據讀取

啟動IPython notebook,加載pylab環境:

ipython notebook –pylab=inline

Pandas提供了IO工具可以將大文件分塊讀取,測試了一下性能,完整加載9800萬條數據也只需要263秒左右,還是相當不錯了。

import pandas as pd

reader = pd.read_csv(‘data/servicelogs’, iterator=True)

try:

df = reader.get_chunk(100000000)

except StopIteration:

print “Iteration is stopped.”

使用不同分塊大小來讀取再調用 pandas.concat 連接DataFrame,chunkSize設置在1000萬條左右速度優化比較明顯

loop = True
chunkSize = 100000
chunks = 
while loop:
  try:
    chunk = reader.get_chunk(chunkSize)
    chunks.append(chunk)
  except StopIteration:
    loop = False
    print "Iteration is stopped."
df = pd.concat(chunks, ignore_index=True)
  

下面是統計數據,Read Time是數據讀取時間,Total Time是讀取和Pandas進行concat操作的時間,根據數據總量來看,對5~50個DataFrame對象進行合併,性能表現比較好。

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如果使用Spark提供的Python Shell,同樣編寫Pandas加載數據,時間會短25秒左右,看來Spark對Python的內存使用都有優化。

數據清洗

Pandas提供了 DataFrame.describe 方法查看數據摘要,包括數據查看(默認共輸出首尾60行數據)和行列統計。由於源數據通常包含一些空值甚至空列,會影響數據分析的時間和效率,在預覽了數據摘要後,需要對這些無效數據進行處理。

首先調用 DataFrame.isnull 方法查看數據表中哪些為空值,與它相反的方法是 DataFrame.notnull ,Pandas會將表中所有數據進行null計算,以True/False作為結果進行填充,如下圖所示:

在Python中利用Pandas庫處理大數據的簡單介紹

Pandas的非空計算速度很快,9800萬數據也只需要28.7秒。得到初步信息之後,可以對表中空列進行移除操作。嘗試了按列名依次計算獲取非 空列,和 DataFrame.dropna 兩種方式,時間分別為367.0秒和345.3秒,但檢查時發現 dropna 之後所有的行都沒有了,查了Pandas手冊,原來不加參數的情況下, dropna 會移除所有包含空值的行。如果只想移除全部為空值的列,需要加上 axis 和 how 兩個參數:

共移除了14列中的6列,時間也只消耗了85.9秒。

接下來是處理剩餘行中的空值,經過測試,在 DataFrame.replace 中使用空字符串,要比默認的空值NaN節省一些空間;但對整個CSV文件來說,空列只是多存了一個「,」,所以移除的9800萬 x 6列也只省下了200M的空間。進一步的數據清洗還是在移除無用數據和合併上。

對數據列的丟棄,除無效值和需求規定之外,一些表自身的冗餘列也需要在這個環節清理,比如說表中的流水號是某兩個字段拼接、類型描述等,通過對這些數據的丟棄,新的數據文件大小為4.73GB,足足減少了4.04G!

數據處理

使用 DataFrame.dtypes 可以查看每列的數據類型,Pandas默認可以讀出int和float64,其它的都處理為object,需要轉換格式的一般為日期時間。 DataFrame.astype 方法可對整個DataFrame或某一列進行數據格式轉換,支持Python和NumPy的數據類型。

df['Name'] = df['Name'].astype(np.datetime64

對數據聚合,我測試了 DataFrame.groupby 和 DataFrame.pivot_table 以及 pandas.merge ,groupby 9800萬行 x 3列的時間為99秒,連接表為26秒,生成透視表的速度更快,僅需5秒。

df.groupby(['NO','TIME','SVID']).count # 分組
fullData = pd.merge(df, trancodeData)[['NO','SVID','TIME','CLASS','TYPE']] # 連接
actions = fullData.pivot_table('SVID', columns='TYPE', aggfunc='count') # 透視表

根據透視表生成的交易/查詢比例餅圖:

在Python中利用Pandas庫處理大數據的簡單介紹

將日志時間加入透視表並輸出每天的交易/查詢比例圖:

total_actions = fullData.pivot_table('SVID', index='TIME', columns='TYPE', aggfunc='count')
total_actions.plot(subplots=False, figsize=(18,6), kind='area')

在Python中利用Pandas庫處理大數據的簡單介紹

除此之外,Pandas提供的DataFrame查詢統計功能速度表現也非常優秀,7秒以內就可以查詢生成所有類型為交易的數據子表:

tranData = fullData[fullData['Type'] == 'Transaction']

該子表的大小為 [10250666 rows x 5 columns]。在此已經完成了數據處理的一些基本場景。實驗結果足以說明,在非「>5TB」數據的情況下,Python的表現已經能讓擅長使用統計分析語言的數據分析師遊刃有餘。

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