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運行機制：安卓是虛擬機運行機制，IOS是沙盒運行機制。這里再說明一下這兩者的主要不同之處。安卓系統中應用程序的運行都是在虛擬的環境中運行的，運行方式是數據先傳輸到虛擬機，再由虛擬機傳遞到用戶界面（簡稱UI）。而蘋果IOS的沙盒運行機制則有一個相對規整的分隔控制，也就是相當於把每個應用程序放在自己的沙盒里進行文件的讀取，每個沙盒都是相對獨立的。沙盒模式使得每個應用程序都在自己的沙盒里進行，相互之間不能互訪和干擾，並且所有的非代碼文件都要保存在各自的文件夾里，只是一個很好的模式。而虛擬機運行機制就不那麼理想了，程序之間可以互訪，這就使得內存占用的很大、消耗很快，這勢必然會增加垃圾文件的產生，程序運行越多內存占用越快，如此一來，手機會越用越卡。
後台制度:IOS和安卓的後台推送原理後台制度是不同的，IOS的推送依托的是系統常駐進程，蘋果的所有消息的推送都會得到這些常駐進程的接管，常駐進程與應用程序之間是相互獨立的。這些常駐進程與蘋果的服務器進行數據交換，也就是說蘋果手機上的應用程序其廠家提供的服務器必須要先與蘋果服務器通信，而後中轉到手機。這麼看來這種推送機制是非常高明的，因為有了常駐進程的存在便不需要應用程序有自己的進程在後台存在與自己的服務器通信，減少了系統的開銷，也減少了內存的消耗。而安卓就不是這個樣子了，安卓需要每個應用程序都在後台建立自己的進程，每個應用程序與自己的服務器交換數據，不像IOS那樣把大部分數據處理交給雲端。當然近來安卓也有轉型，但是絕大部分還是這樣的。安卓自有自己的優點，那就是這種運作機制使安卓機的程序運行更加穩定。
指令權限:IOS的指令中UI是具有最高權限的，這便給了用戶界面更加自由的操作空間。安卓則是數據處理指令具有最高的權限。之所以要談一下指令權限的問題是因為這關係到了系統和手機的安全性問題。如今侵害手機最嚴重的莫過於惡意軟件了，由於IOS的最高權限給到了UI用戶端，故而使得未越獄的IOS獲得了最好安全性。現在的安卓一般本身存在root開關的，由於應用程序的權限過高則導致存在了相比未越獄IOS更高的安全隱患。可是，如果是已經越獄的IOS，那麼危險性則就更大了。下面簡要介紹一下什麼是越獄和root:越獄就是指破解IOS的限制從而獲得最高權限，做到更加自由的控制；root是指系統的所有權限，當然具有最高權限，這既保證了手機安全又具有摧毀手機的隱患存在。
以上三點是最主要的區別了，此外，在面相人群、開發難度等方面也有所不同。再說明幾點，IOS由於比較封閉所以比較安全，安卓的擴展能力更強；IOS開發簡單但是調試困難，安卓開發繁瑣但是調試容易。總而言之，IOS和安卓各有各的優缺點，習慣了哪一個用起來都是非常不錯的。