手把手教你用軟件便捷地數細胞 | 實驗時間

統計圖，和科研領域里的大多數圖像數據伴生，是一種大家喜聞樂見的，直觀表現數據結果的形式。周圍的 Lab 不管是做免疫，還是發育，或者腫瘤，都涉及到要做免疫熒光（Immunofluorescence, IF）或者免疫組化（Immunohistochemistry， IHC），而在拍完了圖之後，直接給老板 show 漂亮的 images 時並不能讓 TA 百分百滿意，總是想要一個 bar 圖，那就需要統計了。

而手動點數細胞太費時，所以向大家介紹一個有用的軟件 IMARIS，可以自動數細胞。

Imaris 使用起來輕鬆快捷，顯示信息也很全面：區域內細胞總數 A，單個通道在 A 里的數量，某個特定區域細胞數，單個細胞的直徑，大小，坐標等等。而這還只是此軟件最最基礎的功能，一起先來看看吧。

1. 打開軟件，可以看見如下界面，第一行的標題欄有 Slice，Surpass，Animation 等，Slice/Surpass 可以用來在打開的 images 上操作，Animation 可以將連續的 images 做成 moive。

2. 打開一張圖片，界面就自動變成如下。如浮動窗口 Display Adjustment（可以在 Edit 里勾選 Show Display Adjustment，即顯示這個節目），這個可以調節不同熒光通道的強弱。

3. 開始數細胞，比如我想要數 DAPI 通道里的細胞個數（即 total 細胞數目），點擊 Plot（紫紅色圈所示的 button）。

開始操作點擊。

右下角的右進鍵（紫色箭頭所指）。

進入 2/3 source channel 界面，選 DAPI 通道，填寫 Estimate Diameter，（一般軟件自動估測的數字比較準可以不改動，萬一想要最最準確，可以利用 Slice 界面，在此界面滑鼠單擊可以顯示細胞直徑，取三個細胞求平均），繼續點右進鍵，即進入 3/3 source channel 界面，細胞即自動數完了。

4. 點擊雙進鍵，填充色自動變成通道的偽色，即完全完成。可以在「折線」圖標欄目下看見有光這個技術的各種參數：細胞總數，單個細胞的大小，直徑，位置坐標等等。

註：Double check 下明場和 DAPI, 發現數的還是特別準確的 (白色小方塊所示，mark 的圖標外觀可以改為 sphere，大小可以任意調)。如果覺得不是 100% 準確，可以按住 Shift，滑鼠左鍵點選更改 individual 的 target。

5. 如果我還想要進一步指導 DAPI+ 里 488+ 的比例是多是，可以進一步操作 filter 界面（圖標是漏鬥），點擊 Filter 圖標，點 Add，並點選 Filter type：

哦哦，顯然它只選了三個最綠的細胞，如黃色方塊所示，如果只想計數強信號的細胞，那就如此變好，點擊 Duplicate selection to new spots，即得到只計數這三個細胞的新界面。

如果要記所有綠色的細胞則在這個強黃色區域（用 red box 標記的）用滑鼠左鍵拉動，拉的時候會出現一個十字，邊拉邊看右邊的 image，到自己認為可取的位置，如下便好。

6. 看，已經數完了。28 個。可以記下數字即可，也可以 Duplicate 這個 plot，比如我還要數綠色細胞里多少是 647 通道陽性的，以此類推之。簡直太方便了有沒有。

軟件來源：如果有的學校已經購買了整套的完整版軟件可以去使用（完整版的功能炫酷滴很！），有的貼吧也會 nice 地提供基礎版的下載包，也可以在萬能的某寶上買，十幾塊錢享用終身。不管你是否躍躍欲試，我是已經試過了。