不會 python,不懂 R?教你一招快速分析基因表達譜 | 實驗時間

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前幾天學霸平台有一篇推文《這才是科研狗脫貧的王道》,開篇用一組氣勢磅礴的排比句道破生物科研狗脫貧的天機—-生物信息學。

的確有師姐靠生物信息學發高分文章,也有師兄畢業進華大、博奧、華因康,持股分紅薪資強,搖身一變,從此走上人生巔峰。

可是,作為科研狗,想要走上人生巔峰,首先你得能畢業。

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說到生物信息學(bioinformatics),通常在處理高通量數據的過程中,我們往往需要借助一些表達譜信息進行比對分析,通過不同類型樣本之間的比較,獲得與疾病表型存在顯著相關性的基因標識。

而這一系列過程中,不僅需要生物知識,而且需要懂信息,也就是會一門計算機語言,比如 python、R 語言等。

但是對於剛入門的科研狗,不會 python ,不懂 R 語言,怎麼破?今天小編教你一招快速分析基因表達譜。

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納尼,你在逗我嗎?對,你沒看錯,就是偉大而神奇的 NCBI 。驚不驚喜,意不意外?用好這個 Web 版工具,距離人生巔峰已經不遠了。

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你可能不知道,NCBI 為了讓我們變得更傻瓜而變的更加智能,去年就已經把表達譜數據和基因數據 Gene 整合到一起。

我們只要在 NCBI 首頁里,左邊選擇Gene,右邊直接搜尋expressioncategory ubiquitous expression就可以得到所有含有表達譜的基因:共 40963 個。

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以比較常見的 MAPK1 基因為例,

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點進去,乍一看是不是和原來沒什麼差別?不過仔細觀察,差別還是有的——在基因的描述下面多了一行Expression

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點擊See more,會直接下拉到表達譜的柱狀圖上,對,你沒有看錯,就是已經給你分析好的柱狀圖:

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從圖中可以明顯的看出 MAPK1 基因在不同組織里的表達程度,注意,在右上角有個details的按鈕,點一下,就會直接鏈接到這里:

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右上角有個「Download」按鈕,我們可以點擊就能直接下載這個柱狀圖所對應的樣本 SRA 數據,是不是很驚喜?

這還沒有完,這只是一部分數據,以 MAPK1 基因為例,總共有四個測序的數據在里面,可以通過下拉菜單來切換:

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最後,One more thing,有時候可能你想要搜尋基因在某種動物中的表達程度,比如小鼠的肝臟組織或者人類的腎臟組織。即要怎麼樣搜尋你所關心的表達模式呢?

這個只要限定搜尋關鍵詞就可以了,下面我們還是以 MAPK1 基因為例,比如說: MAPK1 在小鼠肝臟組織的表達模式

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輸入「mouse[orgn] liver[expression/tissuesMPAK1」搜尋到的是在小鼠(mouse[orgn])的肝臟組織(liver[expression/tissues])中有表達數據的與 MPAK1 基因相關的基因,共 34 個。

再比如: MAPK1 在人類肝臟組織的表達模式,包括已知互相作用基因有 247 個。

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好好利用 NCBI 吧,它將是你走上人生巔峰的第一步,相信不久的我們,都會順利畢業,升職加薪,走上人生巔峰。

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