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手續費
因綜合經營成本上升，自2016年10月12日起，支付寶將對個人用戶超出免費額度的提現收取0.1%的服務費，個人用戶每人累計享有2萬元基礎免費提現額度。在用完基礎免費額度後，用戶可以使用螞蟻積分兌換更多免費提現額度。
快捷支付
快捷支付是為網路支付量身定做的網銀服務，主推支付功能，由銀行與支付寶直連，保障了支付的安全性和便捷性。其支付成功率達到了95%左右。
用戶可以通過在銀行留下的聯繫方式、金融卡號、手機校驗碼等信息快速開通快捷支付服務。付款時輸入支付寶支付密碼。其便捷性更強，支付寶與保險公司承諾用戶資金安全。
180多家銀行與支付寶合作提供了快捷支付服務。
缺點：部分銀行出於多種目的考慮，限制了單日單次的支付額度，使得大額支付使用快捷支付不甚便利。
餘額寶
餘額寶是支付寶推出的理財服務，但也能用於日常的購物、還信用卡等支付。
在用於支付時，餘額寶的優勢在於額度較大、支付成功率非常高。
為用於支付時餘額寶還能獲得理財收益。
餘額寶占支付寶支付的比例正在逐步升高。
2018年2月1日至3月15日，取消餘額自動轉入餘額寶功能，設置餘額寶每日申購總量。