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1月30日，據中國科學技術協會微信「科協改革進行時」文章：據《中華醫學雜誌英文版》最新在線發表的論文報導，中國科學家聯合完成新型冠狀病毒病原發現和鑒定,這是在國內期刊的首次發布。
2019年12月，武漢出現了多個不明原因肺炎病例，中國醫學科學院的研究網路從其中一例病例中發現一種從未報導的冠狀病毒，並獲得其全基因組序列，由此獲得了引發武漢肺炎疫情的第一個新型冠狀病毒的全基因組序列，通過全病原譜分析，推測其可能為此例肺炎的「原兇」，明確其是一種感染人類的冠狀病毒。相幹發現第一時間上報有關部門。隨後中國醫學科學院又與中國疾病預防控制中心、軍事科學院軍事醫學研究院作為平行檢測單位一同完成引發此次疫情的病原學確證工作。
中國醫學科學院病原生物學研究所王健偉教授聯合中日友好醫院曹彬教授、中國醫學科學院病原生物學研究所金奇教授、醫學實驗動物研究所秦川教授以及廣州微遠基因科技有限公司、湖北省疾病預防控制中心、武漢市疾病預防控制中心、武漢市金銀潭醫院、華中科技大學同濟醫學院附屬同濟醫院、武漢市中心醫院等單位，基於武漢5例不明原因重症肺炎患者病原學研究，完成病原的發現和鑒定。《中華醫學雜誌英文版》最新刊文重現了發現和鑒定的過程。
5例患者於2019年12月15日-29日因高熱、咳嗽等症狀入院，臨床診斷為不明原因肺炎。患者病情進展迅速，4例出現急性呼吸窘迫綜合征，1例死亡（61歲男性，合併慢性肝病和腹腔黏液瘤）。3例沒有已知的基礎性疾病。
病原線索在哪裡？
下一代測序技術（NGS）因其可在不清楚任何病原體背景的情況下，測出樣本中已知的所有病原微生物，是進行未知病原鑒定的首選篩查方案。針對不明原因肺炎病例，該研究基於患者肺深部樣本—-支氣管肺泡灌洗液（BAL），用NGS測序技術從所有病例樣本中均獲得了大量與冠狀病毒同源的核苷酸序列，經拼接得出病毒全基因組序列。這些序列在大部分樣本檢出的微生物核苷酸序列中所占比例是最高的，而且獲得的5株病毒序列高度同源，其相似性高達99.8％-99.9％，而深度測序數據中人體共生微生物/條件致病菌序列數據所占比例較低。隨後，從兩例樣本中成功分離出病毒，通過電鏡確認病毒形態，基於血清學方法，確認獲得的病毒與患者恢復期血清之間存在抗原抗體反應。這些結果提示這種病毒可能是致病病原體。
發現的冠狀病毒是否為新病毒？
該研究進行的基因相似度分析表明該病毒與GenBank資料庫公開報導的SARS冠狀病毒的同源性為79%，與2015年在舟山地區發現的兩株菊頭蝠攜帶的SARS樣冠狀病毒毒株核苷酸序列相似度最高，但僅為87.6％- 87.7％，且聚合酶基因與已知的冠狀病毒相比相似度均小於90%，因此是一種前所未知的新病毒。
新發現的冠狀病毒從哪裡來？
新發現毒株包含ORF3和完整的ORF8基因區域，這是蝙蝠源冠狀病毒的特征序列。系統發育分析顯示，獲得的5個2019nCoV毒株序列與蝙蝠來源毒株最接近，但形成單獨的進化分支。這些發現提示該病毒可能源自蝙蝠。
動物來源的嚴重急性呼吸綜合征冠狀病毒（SARS-CoV）和中東呼吸綜合征冠狀病毒（MERS-CoV）的傳播曾導致全球重大公共衛生事件。此次新型冠狀病毒的出現使我國傳染病防治面臨又一次考驗，摸清傳染源頭，明確傳播方式，確定疾病臨床特征和轉歸規律，掌握病毒變異趨勢是取得疫情防控勝利的關鍵所在。該文為疫情後續的有效防控提供了重要的科學依據。
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圖1. 2019新型冠狀病毒基因組組成模式圖、基因組和功能基因進化分子以及受體結合結構域序列特征
文獻來源：Li-Li Ren, Ye-Ming Wang, Zhi-Qiang Wu, Zi-Chun Xiang, Li Guo, Teng Xu, Yong-Zhong Jiang, Yan Xiong, Yong-Jun Li, Hui Li, Guo-Hui Fan, Xiao-Ying Gu, Yan Xiao, Hong Gao, Jiu-Yang Xu, Fan Yang,
Xin-Ming Wang, Chao Wu, Lan Chen, Yi-Wei Liu, Bo Liu, Jian Yang, Xiao-Rui Wang, Jie Dong, Li Li, Chao-Lin Huang, Jian-Ping Zhao, Yi Hu, Zhen-Shun Cheng, Lin-Lin Liu, Zhao-Hui Qian, Chuan Qin, Qi Jin,
Bin Cao, Jian-Wei Wang. Identification of a novel coronavirus causing severe pneumonia in human: a descriptive study. Chin Med J. Epub ahead of print.
>最新！中國科學家CMJ發文還原新型冠狀病毒發現始末