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1948年夏，為了進行遼沈戰役，東北的解放軍指揮機關劃分為前方和後方兩大塊，林彪、羅榮桓、劉亞樓為前方，指揮作戰；高崗為後方，主管支援前線工作。
9月初，遼沈戰役打響。
10月15日，東北野戰軍攻克錦州。
隨後，又在遼西地區圍殲西援錦州的敵廖耀湘兵團。
在遼西作戰期間，高崗和東北軍區參謀長伍修權一起分析戰局，認為困守在瀋陽等地的東北殘敵，為了逃避被全部圍殲的命運，在北寧線切斷之後，有很可能從營口由海上逃跑。為此，10月19日，他和伍修權聯名發電報給林彪。
在電報中，他們指出敵人向營口突圍從海路南撤的可能，建議迅速調動部隊，搶先占領營口，以堵塞敵人的退路，並具體建議以第十二縱隊外加三個獨立師由四平以北乘火車於10月24日以前全部趕到清源，然後向鞍山、海城急行軍南進，搶占營口，堵塞瀋陽等地殘敵的退路。
他們還建議林彪迅即下達相應的具體命令。
與此同時，他們把這一建議轉報了毛澤東。
毛澤東當即指示林彪： 「高、伍建議……甚為必要，……照此速辦，愈快愈好。」
不料，林彪卻一拖再拖。
為此毛澤東連續給他發了七封電報，告知他蔣介石已在天津集中了五萬噸位船只，準備接應從營口撤出的東北敵軍，要求東北野戰軍 「不失時機，爭取大勝」。但是，由於林彪未及時部署兵力去堵塞營口這個唯一的缺口，致使敵52軍軍部及一個師部三個團，共一萬多人，由營口登船，從海上逃離了東北。
敵第52軍軍長叫劉玉章。成功逃脫後，他大肆吹噓 「敦刻爾克大撤退」。
由於劉玉章率部的逃脫，使得東北野戰軍未能完成全殲東北敵軍的任。事後，毛澤東惋惜地責備林彪：
「忽視對營口的控制，是一個不小的失著。」
高崗雖然管後方，倒是有一定的軍事才能。因為，他在紅軍時就指揮過不少的戰鬥。
