新知 | 雙重單細胞測序技術「攜手」,系統描繪肝癌免疫細胞圖譜

10月31日，國際期刊《細胞》雜誌刊發了北京大學生物醫學前沿創新中心、北京未來基因診斷高精尖創新中心張澤民課題組聯合首都醫科大學附屬北京世紀壇醫院彭吉潤課題組等研究人員完成的研究論文。據悉，該研究首次對肝癌臨床樣本進行包括病理組織在內的多組織位點的收集，並利用前沿的生物信息學分析方法，通過自體對照，描述了肝癌微環境的免疫組分和狀態，以及腫瘤浸潤免疫細胞跨組織的動態過程，為人們研究肝癌和其他疾病中的免疫細胞，以及開發新的臨床檢測與治療方案提供新的思路。

「中國的肝癌發病率居世界之首，乙肝病毒的慢性感染則是導致肝癌發生發展的主要原因。」張澤民介紹，目前研究表明，肝癌存在多種免疫逃逸機制，並與其所處的腫瘤微環境關係密切。研究肝炎病毒感染導致的慢性炎症性腫瘤微環境中不同免疫細胞的狀態具有重要意義。

該研究招募了16名肝細胞癌初治患者，這些患者術前未經任何放化療等輔助治療。研究人員通過手術獲取了癌組織、癌旁組織、淋巴結、外周血和腹水，並收集到這些組織中的CD45+免疫細胞，並整合了10xGenomics和全長單細胞RNA測序技術對這些免疫細胞進行了單細胞測序研究。

研究人員發現了一群高表達LAMP3的新型樹突狀細胞，這群細胞可以從腫瘤遷移到肝周淋巴結，並表達多種免疫配體基因，具有與多種T淋巴細胞類型相互作用的潛力。同時發現，腫瘤中的巨噬細胞亞群表現出不同的轉錄狀態和向腹水轉移的能力。

「腹水中含有大量髓系細胞，其產生與肝癌預後不良有關，但具體聯繫尚未完全明確。我們發現，腹水中的髓系細胞和淋巴細胞分別主要來源於腫瘤和血液，但腫瘤來源的有增殖活性的T細胞往往傾向於在腹水中累積。」彭吉潤介紹，該結果為利用肝癌病人的腹水代替活檢組織進行腫瘤免疫狀態的監測提供了一定的可能性依據，但仍需進一步探索。

此外，張澤民特別介紹，由於不同的測序技術在細胞捕獲和基因捕獲效率上具有各自不同的優勢，這項研究還對不同的測序技術及下遊分析手段進行了評估，發現整合兩組數據進行分析，能夠較大程度地發揮兩種數據的優勢。因此，聯合使用10xGenomics和全長單細胞RNA測序技術進行細胞異質性的研究，或可成為相關研究的范式策略之一。

文/本報記者 王瀟雨

編輯製作劉洋