不會研究疾病？來點簡單的臨床SNP套路

基礎和臨床都適用，一個相當萬金油的套路

如果你還記得分子生物學書上的一點內容的話，對「單核苷酸多態性（SNP）」這個詞應該不會感到陌生，它主要是指在基因組水平上由單個核苷酸的變異所引起的DNA序列多態性。它是人類可遺傳的變異中最常見的一種。

基因的SNP大家應該比較容易理解，基因上的一個核酸被替換掉了，A變成G，T變成C。但miRNA的SNP，大家應該就聽到的比較少了吧。miRNA本身長度才21個核酸左右，一個核酸發生變化其實有可能會影響它與靶基因的結合。

那麼如何對這一現象進行研究呢？小鹿打算將兩個正面的角度和一個衍生的角度介紹給大家。今天先給大家介紹第一個正面的角度，參考的是一篇論文於2019年發表在《OncoTargets and Therapy》上，影響因子3.046分。特點是沒有實驗、不做實驗、無需實驗。

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從標題我們就可以看到這篇論文的主要內容是miRNA-499的參考SNP（Reference SNP， rs）rs3746444與食管胃結合部癌（AEG）的風險和淋巴結狀態的關係。其中的>號表示A變為G，在這裡可以理解為A變為G與發生AEG有關，A>G的變異是個危險因素。

下面來給大家介紹下主要內容：

1 基線特征

展示了納入研究的病人結構特征和危險因素的情況，發現吸煙和飲酒是罹患AEG的危險因素。

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然後展示了rs3746444 的一些基本資訊，包括染色體位置，基因組版本，次要等位基因頻率。

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miRNA-499的rs3746444與AEG的關係

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首先展示了不同基因型的病人頻數和頻率特征，然後比較了不同分組下不同基因型之間差異。發現在整體人群中，GA VS AA 組的OR值（比值比、優勢比）大於1，且統計顯著，表示GA是個危險因素。

分組來看，Stage I/II組與control組間的比較結果不顯著，但stageIII/IV與control組相比則結果顯著，也就是說GA這種基因型在stageIII/IV中是危險因素（問題來了，Stage I/II VS stage III/IV呢？）。

兩個核酸發生變異，也就是GG這種基因型與control組相比，沒有統計學意義的影響了，奇怪不？將GA與GG合併來看，則在overall、Stage I/II、stageIII/IV中都有顯著的結果，說明只要發生G到A的變異，不管1個堿基還是兩個堿基，都是危險因素。

而GG VS GA/AA這組的意義想知道，發生2個堿基的變異與隻發生1個或者0個相比，是不是有什麼不一樣？統計結果不顯著，說明發生1個堿基的變異對GA/AA組的影響很大！

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不同亞組中miRNA-499 rs3746444 A> G多態性與AEG的關係

在這部分中，作者發現男性中AG這種基因型是危險因素，發生了兩個堿基變異的GG型則不顯著，而AG/GG還是顯著的，說明男性中不能允許1個堿基變異（AG），發生2個就沒什麼影響了（GG），但最好不要變異（AG/GG）。女性恰好相反，發生1個堿基變異時不顯著的，發生2個堿基變異就不能忍了。

GG VS AG/AA的結果顯著也更是加強了這一點：你搞事一次沒關係，真沒關係，兩次就沒法忍了！年齡、吸煙、飲酒與變異體的關係都和男性的結果一樣，變異一個堿基AG就是危險因素了，變異兩個堿基的GG是沒什麼顯著關係的。

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最後一部分作者研究了不同變異與淋巴結之間的關係，發現都沒有顯著的結果。也就是說雖然不同變異體與AEG的有關係，但是淋巴結陽性沒有什麼關係。

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總結下來，小鹿給大家介紹的第1個正面角度是個臨床型研究，研究SNP與臨床特征的關係。

小鹿也提示大家，這篇文章裡研究的臨床因素還是比較少的，大家可以根據自己的臨床實際研究更多的表型、症狀或特點與不同變異體之間的關係。比如說預後？

祝大家研究順利！

【來源：解螺旋】

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