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在面對乙肝病毒變異的情況，抗病毒治療依然處在核心位置。因為還沒有徹底清除乙肝病毒藥物，如果聯合免疫治療、抗病毒治療、保肝治療等才可以真實有效的控制慢性肝炎進展，有效減少進展肝硬化、肝癌發生率。
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逆轉乙肝的本質，重新回到慢性攜帶狀態，長期保持各項穩定
對於乙肝單純、單一治療方法，有時容易進入單純依靠病毒標誌物陰轉的錯誤。因為只有病毒標誌物陰轉，還有肝功能長期保持穩定的前提下，慢性肝炎才算是得到合理控制。因此，乙肝是否真正得到功能性治愈，是不可以只看e抗原是不是消失的，前面小番健康也提到，一旦乙肝病毒發生變異，那麼e抗原、表面抗原也可以不表達，這時容易判斷失誤。
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乙肝病毒攜帶者和乙肝患者是有本質上的分別。因為針對抗病毒用藥的另一面，乙肝病毒攜帶者無論從體征、指標都與健康人沒有什麼區別，一般是不需要過度治療，但是需要定期復查指標，預防乙肝傳染給周圍人；但是，對於乙肝患者而言，治療目的是逆轉，將慢性乙肝逆轉回到乙肝病毒攜帶的初始階段，就是回到乙肝病毒攜帶者狀態。
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所以，乙肝患者是需要治療的，而且治療效果是要達到乙肝病毒攜帶者的長期慢性攜帶狀態，並且長期穩定在這個狀態下。衡量慢性乙肝的治療效果，不僅需要各種血液檢查，還需要不同的肝組織學檢查。血液檢測可以直觀反映，血液裡的乙肝病毒復制活躍程度、傳染性；
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肝組織學可以直接判斷肝臟形態、結構是否因為乙肝病毒而異常，或者是否存在其他器質性病變。乙肝病毒的脫氧核糖核酸，指的是就是針對體內乙肝病毒DNA的檢測，在規范進行抗病毒治療以後，實現HBV-DNA陰轉，肝功能復常，慢性肝炎體征明顯改善以後，e抗原發生血清學轉換即病毒標誌物陰轉，才更加具有說服力，證明慢性肝炎已經有效控制。
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一般情況下，慢性乙肝患者（CHB）判斷抗病毒治療期間，可以先觀察血清HBV-DNA和肝功能這兩項。因為以核苷類藥物（NAs）舉例，TDF或ETV都能夠短期強效的抑制乙肝病毒復制，所以最早應該的乙肝病毒DNA的病毒量顯著下降，然後才是肝功能逐漸開始恢復到基本正常，這些都是雙達標裡的短期指標變化。
想要實現e抗原陰轉，需要長期保持以上指標穩定，通常也是長期治療後的好的轉歸方向。所以，有些慢性乙肝患者（CHB）在初始治療時，就將乙肝表面抗原、e抗原陰轉作為短期目標，是不科學的。往往在初始治療制定目標太高，容易導致治療期間如果未達到預期而中斷用藥，這會增加耐藥性，原則上需要遵醫囑，提高藥物依從性。
>逆轉慢性乙肝和乙肝病毒攜帶初始階段