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這一類肝硬化的產生與機體免疫功能異常相幹，即機體產生針對自身肝臟細胞免疫細胞、自身抗體，導致肝臟細胞受損，長期得不到遏制，就會出現慢性肝炎、肝纖維化、肝硬化。
這個疾病是一個痛苦的過程，因為患者什麼時間發生肝臟細胞損傷、為什麼發生肝細胞損傷不知道，很多病人知道病情時，已經進入肝硬化了。因為免疫功能雜亂了，很多病人會出現反覆出現肝臟損傷、炎症反應，反覆住院治療，而且病情會逐漸加重，這是一個慢性病程，一個反覆發病治療的艱難經歷。
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有三種免疫性肝病，包括自身免疫性肝炎、原發性膽汁性膽管炎、原發性硬化性膽管炎，都是損傷膽道系統，出現膽汁鬱積、肝損傷，最後會導致肝硬化。但也不是所有人都會出現不良後果。曾經有一個老太太太，患原發性膽汁性膽管炎，第一次發病來醫院時，已經是肝硬化和並重症肝炎，但老太太太情緒開朗、遵從醫囑，經過長達7年治療，後來復查肝臟CT等已經沒了肝硬化表現，肝功能也回復正常。
還有一些自身免疫病，如系統性紅斑狼瘡、乾燥綜合征、血管炎等疾病，如果累及肝臟，也會逐漸演變為肝硬化的。
目前這些自身免疫肝病，沒有針對病因的特效藥物。如果病情沒有得到控制，可能逐漸進展至肝硬化，出現肝硬化多種並發症時，可以考慮肝移植，這類疾病肝移植預後較好。當然，隨著醫學研究的突破，尤其免疫學進展，如果能夠定點清除自身免疫細胞及自身抗體產生，那有可能在患者肝硬化出現之前就可以把病因去除，這類疾病治療可能得到翻天覆地的改變，期待這一天。
>自身免疫功能雜亂導致的肝硬化：未來可能完全治愈的疾病